Автономная некоммерческая образовательная организация высшего образования «Калининградский институт управления» была образована в 1989 году как предприятие общественной организации.
В 1994 году предприятие общественной организации «Калининградская высшая школа управления» реорганизована в Учреждение общественной организации «Калининградскую высшую школу управления». В 1996 году Учреждение общественной организации «Калининградская высшая школа управления» реорганизована в Автономную некоммерческую организацию «Калининградская высшая школа управления». В 1997 году Учреждение общественной организации «Калининградская высшая школа управления» реорганизована в Автономную некоммерческую организацию Институт «Калининградская высшая школа управления».
В 2009 году Автономная некоммерческая организация Институт «Калининградская высшая школа управления» реорганизована в Автономную некоммерческую организацию высшего профессионального образования «Калининградский институт управления». В 2015 году наименование Организации приведено в соответствие с требованиями Федерального закона путем переименования в Автономную некоммерческую образовательную организацию высшего образования «Калининградский институт управления».
